הנהר הסודי קייט גרנוויל לונדון, 1806. ויליאם תורנהיל, שייט חם מזג, נשוי באושר לסאל, אהבת נעוריו. חייהם קשים מנשוא, אבל השניים שורדים, עד שוויליאם מועד מעידה איומה שהוא ומשפחתו עתידים לשלם עליה מחיר כבד. דינו נגזר לגלות במושבת העונשין ניו סאות ויילס עד סוף חייו עלי אדמות. בני תורנהיל מגיעים לארץ קשה וזרה שהיא עבורם גזר דין מוות. אבל עם הזמן מתברר שאפשר לקנות את החופש. כשוויליאם עומד להתחיל את חייו מחדש על גדת הנהר, הוא מגלה שם את תושבי היבשת האבוריג'ינים לצד נידונים אחרים שהתיישבו באזור. חלק מהמתיישבים רואים באבוריג'ינים תת־אדם, ואילו אחרים חיים עמם בדו־קיום. וכך, בתוך זמן קצר ייאלץ תורנהיל לקבל את ההחלטה הקשה בחייו ... הנהר הסודי הוא סיפור הנוגע בחוויית החיים על הקצה ומחיה את ההתנגשות האדירה שהתחוללה באוסטרליה בין מתיישבים לילידים - על עוצמתה, מוראותיה וייסורי לידתה של תרבות חדשה.