ה"ויכוח": ויכוח על חכמת הקבלה ועל קדמות ספר הזוהר, וקדמות הנקודות והטעמים שמואל דוד לוצאטו מספר החודשים לאחר בר המצווה של שד"ל, בפסח 1914, נפלה אימו למשכב. אביו, שהאמין בקבלה, התפלל לרפואתה תפילה קבלית, אך משראה שמצבה מחמיר, לימד את בנו את הנוסח, בתקווה כי כאשר בנו, נער טהור, יתפלל באותה הדרך,תפילתו תיענה. אך הנער לא הסכים – למרות שהייתה זו בקשתו של אביו, ולמרות מצבה האנוש של אימו. "אבל אני לא האמנתי יותר בתורה זו, ולא יכולתי למלאות את בקשת אבי" - כתב שד"ל אחר כך באוטוביוגרפיה שלו. למרות הכעס שגרמה התנהגותו לאביו, יושרו של שד"ל (בן ה-י"ג!), ואולי גם אופיו החזק, לא התירו לו לפעול בניגוד לאמונתו. אימו נפטרה לאחר ימים אחדים, אך אין ספק שהיה זה לגביו אירוע מכונן. אירוע שהשפיע רבות על כתיבת ה"ויכוח", תריסר שנים מאוחר יותר. אכן, יש בסיפור הזה ללמד על אופיו החזק של שד"ל (יש שיאמרו - גם עקשנותו), ועל דרכו לכל אורך חייו: חתירה לאמת, תוך ניתוח רציונלי של כל העובדות המונחות לפניו, ולאחר שגובשה עמדתו - להתמיד ולדבוק בה גם כאשר היא כרוכה במחירים כואבים, עד כדי ניתוק יחסים עם הקרובים לו ביותר. במרכז הספר – ההתמודדות בשאלת קדמוּת ספר הזוהר: האם הוא אכן נכתב ע"י ר' שמעון בר יוחאי, במאה השניה, או שמא כאלף שנים מאוחר יותר. הניתוח נעשה על בסיס מיטב המחקר המדעי של תחילת המאה ה-19, ובדיקת טעמי המקרא והניקוד, שרק במאה השביעית נכתבו בטבריה.